1.提交商标国际注册申请
提交商标国际注册申请是指符合申请资格的自然人或者法人通过其商标主管部门向国际局申请办理商标国际注册。只有符合特定条件的自然人或法人才能通过马德里体系申请办理商标国际注册，即在《马德里协定》或《马德里议定书》成员国设有真实有效的工商营业场所、住所或者为该国国民，或者在作为《马德里议定书》成员的政府间组织的领土上有真实有效的工商营业场所或者住所，或者是该组织的成员国的国民。符合上述一项或多项条件的缔约方，其商标主管部门称为“原属局”。
符合条件的申请人，其商标已在原属局获得注册的，可根据《马德里协定》申请办理该商标的国际注册；其商标已在原属局获得注册或提出注册申请的，可以根据《马德里议定书》申请办理该商标的国际注册。国际注册申请可以指定一个或多个缔约方，但不能指定主管局为原属局的缔约方，而且国际注册申请指定的商品或服务不能超出基础申请或基础注册的商品或服务的范围。商标国际注册申请必须通过原属局提交，并由原属局对国际注册申请进行形式审查。
2.商标国际注册
广义的商标国际注册包括与商标国际注册申请及后续程序相关的所有事务。这里的商标国际注册是指狭义的商标国际注册，即指商标在国际局获得的注册。国际局对原属局转交的商标国际注册申请进行审查，对符合要求的商标国际注册申请在国际注册簿上就申请的有关内容进行注册登记，并在国际局网站上发布公告。国际注册日通常为原属局收到商标国际注册申请的日期。国际局未在规定的期限内收到原属局转交的商标国际注册申请，则国际注册日为国际局实际收到申请的日期。商标在国际局获得注册后，国际局负责向申请人发放注册证，并通知各个被指定缔约方的主管局有关国际注册的内容。
3.被指定缔约方的审查
国际注册的效力延伸至申请人在国际申请中明确指定的缔约方，自国际注册日起，商标在各被指定缔约方的保护，与直接向该缔约方主管局提出该商标的申请相同。被指定缔约方在收到国际领土延伸申请后，在《马德里协定》（12个月）或《马德里议定书》（18个月）规定的时限内依据其域内的法律规定进行审查。
经审查，被指定缔约方对符合其域内法规定的领土延伸申请予以保护该国际注册商标自国际注册日起获得的保护与该商标在被指定缔约方主管局取得注册相同。领土延伸申请不符合或部分不符合被指定缔约方域内法规定的，被指定缔约方主管局予以全部驳回或部分驳回，并在驳回期限内通知国际局。商标国际注册申请人在收到驳回通知后可依据该指定缔约方的相关法律规定申请复审或提起诉讼。在规定的驳回期限内，被指定缔约方主管局未通知国际局驳回的，即使领土延伸申请违反被指定缔约方域内法不应该获得保护，也将因“超过审限”自动获得保护。
4.商标国际注册的后期指定
符合商标国际注册申请人条件的国际注册商标所有人，可以根据《马德里协定》或《马德里议定书》提出后期指定申请，即在提出国际注册申请时未要求在某一缔约方得到保护，或者国际注册商标在该缔约方因终局驳回决定、无效宣告或放弃，不再受保护的，可以申请后期指定，将保护延伸至该缔约方。申请后期指定的另一个原因可能是在提交商标国际注册申请时，部分缔约方还不是协定或议定书的成员，或者与国际注册商标所有人所在的缔约方不受同一部条约的约束。后期指定可以只对国际注册簿中登记的部分商品或服务提出。
后期指定由注册人直接向国际局提交的，后期指定日为国际局收到的日期。后期指定由主管局向国际局提交的，如果符合有关要求且国际局在规定的期限内收到主管局转交的后期指定申请的，后期指定日为主管局收到的日期；国际局在规定的期限届满后收到后期指定申请的，后期指定日为国际局收到的日期。
后期指定申请在被指定缔约方获得保护的，自后期指定日起视同于该国际注册商标在被指定缔约方主管局取得注册。后期指定申请被驳回或部分驳回的，申请在收到驳回通知后同样可依据被指定缔约方的域内法申请复审或提起诉讼。
5.商标国际注册的有效期和续展
《马德里协定》规定的商标国际注册有效期为20年，从国际注册日起算，有效期届满前可以缴纳规费续展20年。但1996年生效的《共同实施细则》规定，受《马德里协定》约束的国际注册，申请续展的规费必须以10年为期，分两期进行缴纳，并且在缴纳第二期规费时适用续展的程序和要求。《马德里议定书》规定的商标国际注册有效期为10年，从国际注册日起算，以10年为期进行续展。因此，在目前的商标国际注册实务中，所有的国际注册均应从国际注册日开始计算有效期，并以10年为期进行续展，在有效期内未能申请续展的，可以给予6个月的宽展期，但需缴纳宽展费。未申请办理续展并缴费的商标国际注册在有效期届满后失效，国际局将通知各个被指定缔约方的主管局未续展的情况并进行公告。
6.与商标国际注册相关的后续程序
与商标国际注册相关的后续程序包括注册人、代理人名称或地址的变更、商标国际注册的删减、放弃和注销、转让等。根据《马德里协定》申请办理商标国际注册的放弃和注销，应当通过主管局向国际局提交申请；根据《马德里协定》申请办理注册人或代理人名称或地址的变更、商标国际注册的删减或转让，可以通过主管局向国际局提交申请，也可以直接向国际局提交申请。根据《马德里议定书》申请办理商标国际注册的注册人、代理人名称或地址的变更、商标国际注册的删减、放弃和注销、转让等事项，既可以通过主管局向国际局提交申请，也可以直接向国际局提交申请。国际局对申请进行审查，将符合要求的申请内容在国际注册簿上进行登记，予以公告，并通知相关缔约方主管局。相关缔约方主管局对申请依法进行审查后，对不符合其法律规定的转让和删减申请，可以在国际局通知之日起18个月内向国际局作出该转让或删减在该缔约方无效的声明；对其他申请应根据国际局通知的内容进行登记。